Die Symptome einer pulmonalen Infektion mit nicht tuberkulösen Mykobakterien sind sehr unspezifisch. Typische Symptome einer NTM-Infektion sind Husten, Gewichtsabnahme und Abgeschlagenheit. In seltenen Fällen kommt es auch zu Bluthusten. Die Patient:innen stellen sich häufig mit chronischem Husten und nachgewiesenen Infiltraten im Röntgen-Thorax vor. Die Erkrankung tritt meist bei Patient:innen auf, die eine pulmonale Vorerkrankung wie Bronchiektasen, zystische Fibrose oder chronisch obstruktive Lungenerkrankung haben. Sie kann aber auch bei Menschen auftreten, bei denen eine Lungenerkrankung bisher nicht bekannt war. Dies betrifft vor allem nichtrauchende Frauen über 50 Jahre, bei denen im Rahmen der Abklärung eines persistierenden Hustens Bronchiektasen (sackförmige Aussackungen der Bronchien) und eine pulmonale Infektion mit NTM diagnostiziert werden.

Nicht tuberkulöse Mykobakterien können jedoch auch andere Organe infizieren. Das sogenannte Schwimmbadgranulom wird an der Haut durch eine Infektion mit M. marinum ausgelöst und betrifft häufig Aquariumbesitzer. Nach medizinischen Eingriffen kann es auch zu Haut und Weichteilinfektionen durch schnellwachsende nichttuberkulöse Mykobakterien kommen. Bei stark immunsupprimierten Patient:innen wie HIV-Patient:innen können sie systemische Manifestationen mit generalisierter Lymphknotenschwellung auslösen.
 

Die Diagnosestellung einer pulmonalen Infektion ist komplex. Der Nachweis von nicht tuberkulösen Mykobakterien aus Atemwegsmaterial ist nicht gleichbedeutend mit einer therapiebedürftigen Erkrankung. 

Um die Diagnose einer pulmonalen Infektion zu stellen, muss man die mykobakteriologischen Untersuchungen, die radiologische Bildgebung und die klinische Symptomatik der Patient:innen im Zusammenschau betrachten. Die nichttuberkulösen Mykobakterien sollten mindestens zweimal im Sputum oder einmal aus einem invasiven gewonnenen Atemwegsmaterial (mit Hilfe einer Lungenspiegelung) nachgewiesen sein. In der radiologischen Bildgebung unterscheidet man zwei Verlaufsform. Bei der nodulär bronchiektatischen Form sind die pulmonalen Veränderungen häufig auf einen Lungenlappen beschränkt, meist auf den Mittellappen. Bei der cavitären Verlaufsform bestehen Kavernen wie bei der Tuberkulose in den Oberlappen betont. Gibt die erkrankte Person zusätzlich Beschwerden wie chronischen Husten an, kann die Diagnose einer nichttuberkulösen pulmonalen Mykobakteriose gestellt werden.

Von Erkrankungsbeginn bis Diagnosestellung einer extrapulmonalen Infektion mit NTM vergeht häufig viel Zeit. Die Erkrankungen sind selten und bedürfen einer speziellen Expertise histopathologische, molekularbiologische und mykobakteriologische Befunde zu interpretieren und zu bewerten.

Die Behandlung der NTM-Infektion ist wie die Diagnosestellung sehr komplex und erfolgt immer mit einer Kombination von mehreren Antiinfektiva. 
Für die pulmonale Infektion durch NTM liegt seit 2020 eine erste internationale Leitlinie (ATS/ERS/ESCMID/IDSA) für die bestimmte Erreger (M.avium complex, M. kansasii, M. xenopi und M. abscessus) vor. Vor Therapiebeginn sollte eine Speziesdifferenzierung und Resistenztestung vorliegen. Bei den Erregern aus dem M. avium complex, die am häufigsten vorkommen, wird in der Regel mit einer Kombination mit Azithromycin, Rifampicin und Ethambutol begonnen. Bei sehr ausgeprägten radiologischen Befunden oder Resistenzen gegenüber Makroliden kann auch eine zusätzliche längerfristige intravenöse Therapie mit Amikacin oder Streptomycin notwendig sein. Die Therapiedauer beträgt zwölf Monate nach der kulturellen Sputumkonversion. Bei fehlender Sputumkonversion kann liposomales inhalatives Amikacin eingesetzt werden.

Für extrapulmonale Infektionen mit NTM liegen keine evidenzbasierten Empfehlungen vor. Die Therapie basiert häufig auf Erfahrungen und Expertenmeinungen. Auch bei den extrapulmonalen Infektionen gilt, dass jede Spezies eine speziesspezifische Kombinationstherapie erfordert.
Der Therapieerfolg bei einer NTM-Infektion ist von unterschiedlichen Faktoren abhängig. Medikamentennebenwirkungen und -interaktionen müssen überwacht werden und eine Betreuung durch Spezialisten ist sinnvoll.